נאמר בתורה (ויקרא כא, טו): "וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה". וקיבלו חכמינו זכרונם לברכה (מנחות סה:) שפירוש "ממחרת השבת", הוא מחרת יום טוב הראשון של פסח, שהוא יום שבתון.
וכיצד היה סדר קצירת העומר בזמן שבית המקדש היה קיים, שלוחי בית דין היו יוצאים מערב יום טוב, ועושים אותו כריכות במחובר לקרקע, כדי שיהא נוח לקצור, וכל העיירות הסמוכות לשם מתכנסות לשם, כדי שיהא נקצר בעסק גדול, וכיון שחשיכה, אומר להם, בא השמש? אומרים לו: הן. בא השמש? אומרים לו: הן. מגל זו? אומרים לו: הן. מגל זו? אומרים לו: הן. קופה זו? אומרים לו: הן. קופה זו? אומרים לו: הן. ואם חל ליל ט"ז בניסן בשבת, אומר להם: שבת זו? אומרים לו: הן. שבת זו? אומרים לו: הן. אקצור? והם אומרים לו: קצור. אקצור? והם אומרים לו: קצור. שלשה פעמים על כל דבר ודבר, והם אומרים לו הן הן הן, וכל כך למה, מפני הביתוסים שהיו אומרים אין קצירת העומר במוצאי יום טוב. (מסכת מנחות פרק י משנה ג).