כבר ביארנו שלדעת רוב הפוסקים אין מצות ספירת העומר נוהגת בזמן הזה אלא מדרבנן, כי התורה תלתה את מצות ספירת העומר בקצירת והבאת קרבן העומר, והנפקא מינה בזה, אם רשאים לברך ולספור העומר בזמן "בין השמשות" שהוא ספק יום ספק לילה, שאם נאמר שמצות ספירת העומר מן התורה אף בזמן הזה, וכדעת הרמב"ם, אי אפשר לספור העומר בזמן בין השמשות, שספק דאורייתא לחומרא. אבל אם ננקוט כדעת רוב הפוסקים שספירת העומר בזמן הזה מדרבנן, רשאים לברך ולספור העומר בזמן בין השמשות, שספק דרבנן לקולא. ומרן בשלחן ערוך (סימן תפט סעיף ב) כתב: "והמדקדקים אינם סופרים עד צאת הכוכבים, וכן ראוי לעשות". ומדקדוק לשונו משמע שמעיקר הדין רשאים לספור העומר בזמן בין השמשות, כי אנו נוקטים יותר להלכה כדעת האומרים שספירת העומר בזמן הזה מדרבנן, רק שהמדקדקים ממתינים לזמן צאת הכוכבים, ושכן ראוי לעשות.
ובזה נרויח כי ישנם בתי כנסיות שמתפללים מנחה וערבית בסמיכות, ומסיימים תפלת ערבית בתוך זמן בין השמשות, ואם ילכו הקהל לבתיהם ולא יספרו העומר בבית הכנסת, קיים חשש שחלקם ישכחו לספור העומר בבתיהם, ועל פי דברי מרן השלחן ערוך מצאנו להם היתר שיברכו ויספרו על העומר בזמן בין השמשות עצמו, ויוצאים בזה ידי חובה.
ואף על פי כן, מה טוב ומה נעים, שאם יש בין הקהל תלמיד חכם, שיאמר להם כמה דברי תורה בין מנחה לערבית, מענינו של יום, עד צאת הכוכבים, וכשיגיע צאת הכוכבים יתפללו תפלת ערבית בזמנה, ויקראו קריאת שמע בזמנה, ולאחר מכן יספרו ספירת העומר כמנהג המדקדקין. ובזה הרויחו מצות תלמוד תורה שהיא שקולה כנגד כל המצות, ומצות ספירת העומר לאחר צאת הכוכבים. אך אם קשה להם לעשות כן, יתפללו מנחה וערבית בסמיכות, ומיד לאחר מכן יספרו ספירת העומר בברכה, וכנזכר לעיל.