רבותינו הראשונים נחלקו אם מצות ספירת העומר בזמן הזה נוהגת מן התורה או מדרבנן, יש אומרים שכיון שהתורה תלתה את מצות ספירת העומר בהבאת קרבן העומר, וכמו שנאמר (ויקרא כג טו): "וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה", וכיון שבזמן הזה שאין בית המקדש עומד על תלו אין קרבן העומר נוהג, לפיכך גם מצות ספירת העומר בזמן הזה אינה אלא מדרבנן. בשיטה זו הלכו רוב רבותינו הראשונים, ומהם: התוספות (במנחות סו.), והרא"ש (סוף פרק ערבי פסחים), והרשב"א בתשובה (חלק א סוף סימן קכו), ועוד. וכתב הר"ן (בסוף פרק ערבי פסחים), שרוב המפרשים כתבו שספירת העומר בזמן הזה מדרבנן, כיון שאין הבאה ולא קרבן, וכמו שאמר אמימר (במנחות סו.) זכר למקדש בעלמא הוא. אבל הרמב"ם (בפרק ח מהלכות תמידין ומוספין) כתב, שמצות ספירת העומר מוטלת על כל איש בכל מקום ובכל זמן. ובשיטה זו הולך גם רבינו אבי העזרי, הראבי"ה, הובאו דבריו בטור (סימן תפט). וכיון שלדעת הרמב"ם וראבי"ה גם בזמן הזה מצות ספירת העומר נוהגת מן התורה, בודאי שצריך כל אחד להזהר למנות הספירה בכל יום, ולא לשכוח מלספור הספירה אפילו לילה אחד. ואף על פי כן העיקר להלכה כשיטת הראשונים שסוברים שספירת העומר בזמן הזה מדרבנן.